El CEIP Colón habría sido fundado en 1916 como Colegio Público Alfonso XII, aunque el edificio no sea representado en el Plano de Linares de 1916 de la Enciclopedia universal Ilustrada Espasa-Calpe. Según la página del Centro, en el año 1932, con la Segunda República, adopta el nombre de la plaza cercana al mismo. El edificio principal, con fachada a C/ Alfonso el Sabio, estaba construido en su fisionomía actual en 1956, y es visible en el ortofotomapa del Vuelo Americano de 1956.

En noviembre de 1966, una serie de alteraciones en los agrupamientos escolares de Linares añaden dos unidades en el Colegio “Colón” que queda constituida por 8 unidades de niños y dirección sin curso. Según la página del Centro, “en 1977 se lleva a cabo la primera reforma estructural del colegio aumentando el número de aulas y dotándolo de nuevos espacios”. La ampliación de 1977 correspondería al módulo en la esquina nordeste del solar, estéticamente similar a los Pabellónes de ese periodo del CEIP Marqueses de Linares, ampliación del CEIP Padre Poveda o CEIP Virgen de Linarejos.