El actual colegio San Juan de la Cruz se construyó como un pabellón de aulas que ampliase el colegio y las instalaciones existentes junto al convento del Carmen. Fue proyectado en 1968 como un Colegio privado de Enseñanza Media para los Padres Carmelitas Descalzos por los arquitectos Javier Seguí de la Riva, Manuel de las Casas Gómez y Santiago López Fernández para acoger 450 alumnos, aunque podría alcanzar hasta 530. Finalizadas las obras para el curso 1969-1970, el colegio se abrió al municipio, reconocido como Centro de Superior de Bachillerato, adscrito al Instituto de Educación Secundaria Zorrilla de Valladolid. En la actualidad (2025) mantiene su función educativa original como colegio de Educación Infantil, Primaria y Secundaria.