Tanto quanto a documentação permite compreender, o processo de construção dos Balneários de São João do Deserto ter-se-á iniciado por volta de 1961, data em que o Ministério das Obras Públicas concede um reforço de comparticipação à Junta de Freguesia de Aljustrel, através do Fundo de Desemprego, para a execução da obra - em virtude de uma comparticipação anteriormente autorizada.

Segundo a publicação do Ministério das Obras Públicas,  a obra foi concluída no ano de 1962