Instituído em 1962, atendendo aos problemas verificados na educação da juventude da vila e concelho de Campo Maior – especialmente os problemas financeiros, que acarretavam impacto social na população, que se via obrigada a estudar fora do concelho, e por isso com custos acrescidos e escassez de vigilância e proteção familiar – o Externato de S. João de Campo Maior, a funcionar em casa provisória até então, viria a manifestar e justificar, em 1966, a necessidade de construção urgente de um edifício próprio. Reforçando o sucesso e impacto do ensino por si ministrado, destacavam o aumento significativo do número de alunos a cada ano, que em muito comprometia o futuro da sua ação e da educação da população jovem do concelho.

Tanto quanto a documentação encontrada e analisada permite perceber, o processo inicia-se em junho de 1965, com a elaboração de um projeto de arquitetura para o Externato a construir, com capacidade para cerca de 400 alunos. Esse projeto seria então apresentado ao Ministérios da Obras Públicas em janeiro 1966, após a cedência de um terreno particular à Arquidiocese de Évora e a aprovação do Ministério da Educação Nacional, acompanhado de um pedido de comparticipação do Estado. Após alguns reparos e alterações, o projeto (da autoria dos Arquitetos Manuel Tierno Bagulho e José dos Reis e Álvaro) viria a constituir-se projeto de execução apenas para uma 1.ª fase da obra, em 1969, com o aval de diversos serviços e entidades – entre os quais a Junta de Construções para o Ensino Técnico e Secundário e a Inspeção Superior do Ensino Particular –, e igualmente autorizada uma comparticipação através do Fundo de Desemprego. Esta aprovação, implicou em 1967, uma revisão do Plano de Urbanização de Campo Maior de 1954, de forma a priorizar a construção do Externato.

Em junho de 1969 iniciava-se, assim, a 1.ª fase da obra que respeitava ao corpo de aulas, com a empreitada a cargo do Eng.º António Sequeira Lopes. A construção alargar-se-ia, através de sucessivas prorrogações, até abril 1971, com um orçamento total de 2.861.342$00, sendo esta a única fase que viria a ser construída.

Em fevereiro de 1972, a obra é oficialmente dada por concluída e entregue à Direção do Externato de S. João de Campo Maior. 

Desde então, o edifício funcionou manteve sempre as suas funções educativas, tendo funcionado como Externato de S. João, posteriormente designado como Colégio de S. João, e, mais tarde como Escola Básica EB2 de S. João Baptista, integrada no Agrupamento de Escolas de Campo Maior. Desde 2015, toda a atividade educativa que aqui tinha lugar foi transferida para o Centro Escolar Comendador Rui Nabeiro.