A escola primária de Alte foi construída para servir a população escolar da freguesia rural (da aldeia e das localidades de Alcaria do João, Atalaia, Curralões, Júlia, Monte Frio, Montinho dos Termos, Perna Seca, Santa Margarida, Soidos, Termos, Valinhos e Várzeas de Carvalho), respondendo à necessidade de reunir os alunos num edifício adequado ao ensino primário.

A construção estava prevista e incluída no Plano dos Centenários de 1941-43. O processo foi conduzido pela Delegação para as Obras de Construção de Escolas Primárias (DOCEP), que a incluiu na Fase III do Programa de Construções Escolares. Através da sua Secção Sul, sob direção do engenheiro-chefe José Sabino de Carvalho Pontes, fazia-se a articulação com a Câmara Municipal de Loulé, responsável pela procura e aquisição do terreno necessário. Adjudicada ao empreiteiro António José Honrado em 1945, que arrematou nada menos do que uma empreitada de construção de 28 edifícios escolares no distrito de Faro, na qual constava um edifício de quatro salas-gémeo para a sede do núcleo escolar de Alte.

A implantação foi aprovada em fevereiro de 1946, embora os procedimentos administrativos relativos ao terreno se tenham prolongado até 1947, ano em que efetivamente se iniciou a obra. A execução das obras complementares, definidas em 1949, foi posteriormente adjudicada a José Guerreiro Neto, que ajustou a proposta ao valor base de licitação. Os trabalhos incluíram o arranjo do recinto escolar, a construção do muro de vedação, o abastecimento de água e o sistema de esgotos. O edifício foi mandado inaugurar por portaria de 24 de outubro de 1950, data em que foi igualmente lavrado o Auto de Receção Provisória da obra. Nos anos seguintes, surgiram pedidos de reparação e pequenas intervenções de conservação, solicitadas pela escola e pela Junta de Freguesia, que foram executadas conforme disponibilidade municipal e aprovação da DOCEP.

Atualmente responde às valências de Jardim de Infância e de Escola Básica.