La instalación de un Grupo Escolar en el solar de la antigua Iglesia de la Concepción empieza en 1939, cuando se propone ese lugar, a la fecha propiedad del Arzobispado, para instalación de escuelas públicas fuera de casas privadas. No obstante, las dificultades sentidas en la construcción durante la década de 40 y que lastraron la edificación del Grupo Escolar en el Palacio Alcántara, impiden que el proyecto se desarrolle.

En 1949, el arquitecto municipal José Granados de la Vega, redacta un proyecto de escuela con dos bloques con un patio en medio, unidos por una galería cubierta, donde se indica que el interior de la iglesia se encuentra demolido por su estado ruinoso. Se deben conservar la fachada y torres por un compromiso asumido en la escritura en la que pasó a propiedad municipal, y “no se pierde con ello en su aspecto exterior un edificio tan característico de Écija, con sus dos torres gemelas”.

Sin embargo, no es hasta 1958 que vuelve a la luz el proyecto, con actualizaciones estilísticas, para adjudicación de obras en 1960. El Grupo Escolar de seis aulas, ahora Escuela Graduada General Mola, es subvencionado por la Junta Provincial de Construcciones Escolares de Sevilla, y se termina en 1962.

Su tiempo de uso como escuela de niñas es corto, ya que es suprimido en 1977 por el Plan de Modificación de Centros de la Delegación Provincial del Ministerio de Educación y Ciencia en Sevilla, a la vez que las Escuelas Graduadas Virgen de Lourdes (CEPER), San Gregorio y Isabel La Católica. Las unidades escolares y personal docente se integran en el Colegio Nacional San Agustín.

En 1984, el edificio era utilizado por el Patronato Municipal de Disminuidos Psíquicos (PRODIS).