El centro escolar San Agustín ha sido originalmente construido dentro de las 17 unidades adjudicadas a Écija en el Plan de Construcciones Escolares de 1960, siguiendo el Tipo “Sevilla”, un modelo-tipo de edificio preparado por la Diputación Provincial de Sevilla, que administra los Planes de Construcciones Escolares a la fecha (AMÉ Legajo 857-5). En enero de 1961 hay indicación de que la Diputación tiene prevista la construcción de 12 escuelas “en el solar en la Calle Nueva en el sitio del Cercado de la Misericordia” (AMÉ Legajo 857-5). Se construyen dos bloques de dos plantas “Tipo Sevilla”, con un total de 12 aulas, un bloque para niños y otro para niñas. En octubre de 1961 las obras están a punto de concluirse.

En el levantamiento provincial de 1975 sobre el estado de las escuelas, se refiere que tiene superficie de 732 m², dividido en dos edificios con 12 aulas en 480 m². Los edificios son iguales, con un plano en forma aproximada al “T”, con tres aulas por planta, separadas por un corto pasillo central, aseos y escalera. Las plantas bajas y alta son iguales (AHPSe 25907).

En marzo de 1977, la Delegación Provincial del Ministerio de Educación y Ciencia, en su Plan de Modificación de Centros, comunica la desaparición de la Escuela Graduada General Mola, cuyas alumnas se integran en el C.N. San Agustín. El C.N. San Agustín contaría a partir de ahí con 18 unidades escolares de asistencia mixta. Más allá de la integración de las 6 unidades de la Escuela Graduada General Mola, se transforman en mixtas las 6 unidades de niños y 6 de niñas existentes en el centro (AHPSe 30067).

Sin sorpresas, en noviembre de 1977 el centro solicita a la Delegación Provincial la ampliación del centro por exceso de matriculación. La ampliación es incluida en el Programa de Ampliaciones de 1978 con 5 aulas de EGB y 2 de preescolar (AMÉ Adm 103-1). El proyecto de ampliación es realizado por Salvador Camoyan Pérez (AHPSe 25495 y AHPSe 25552). El edificio de las cinco aulas tiene 2 plantas y el de preescolar una. En ese momento, los bloques originales eren de ladrillo visto y estaban separados y ubicados en los extremos del solar. Las nuevas cinco aulas se edifican entre los dos bloques originales. Las cinco aulas se proyectan en dos plantas, con tres aulas, aseos y escalera en planta alta, y la planta baja ocupada por dos aulas, aseos, escalera y porche. La fachada marca la horizontalidad con la alternancia de franjas de ladrillo visto con las franjas de ventanas con enfoscado entre ellas. El edificio de preescolar, en el canto sudoeste de la parcela (esquina entre las actuales C/ Málaga y C/ Perdiz), tiene alzados sencillos en los que destaca el coronamiento saliente de la cubierta plana. El interior rectangular se divide en porche de entrada, vestíbulo, aseos y las dos aulas.

En 1981 el mismo arquitecto firma un proyecto de reparación para enfoscar los dos edificios originales que eran de ladrillo visto, en mal estado de conservación, y crear acerado de acceso a las diferentes aulas. Después de esa fecha se demuelen los edificios originales tipo Sevilla, se construye un edificio igual al de la ampliación de 5 aulas anejo al primero y un nuevo edificio detrás de la ampliación de 2 aulas de preescolar unido por porche al bloque formado por los dos edificios casi cuadrangulares de EGB. La inauguración del nuevo edificio se hace en 1991.