El Grupo Escolar Cruz Prado fue proyectado por Jesús García del Castillo, arquitecto escolar, y promovido por la Junta Central de Construcciones Escolares en 1966. Se construye en el solar del antiguo Colegio de Santo Antón, edificio de dos patios interiores con fachada principal a C/ Don Quijote, visible en la fotografía aérea de Berriochoa de 1940, o en las Ortofotografías de los Vuelos Americanos de 1945-46 y 1956-57 (Moyano 2021).

El centro fue concebido como un Grupo Escolar de 16 Aulas con dos aulas complementarias y Sala de Usos Múltiples, con entrada principal a C/ Don Quijote. La construcción fue adjudicada a García del Castillo Hermanos S.R.C. y concluida en 1966.09.29, con presupuesto total de 2.941.632,96 pesetas. El edificio tenía planta igual al del CEIP Pio XII, concebido en la misma fecha por el mismo arquitecto.

El edificio es sustituido por una nueva construcción en 2008.